デバッグと実行時で出力内容が違う

こんにちは

Studioのアウトプットパネルは同一時刻のレコードが適当（？）な順番に表示されるはずです。そのため、一度、生のexecution_logファイルの中身を確認して正しい順序になっているかを確認してみてください。（ログを表示をクリックして、テキストエディターで中身見てください。）

あとロジックですが単に9x9を行うだけでしたら、事前にコレクションに値を追加するループを設けずとも、Whileの２重ループだけで良い様に思えます。