(Chromeのバージョンも関係するかも知れませんが)自分の経験だと、Basic認証のダイアログはUiAutomationのVersion「20.X」以上なら、要素が取れた気がします。
「19.X」以下で要素が取れない(または他の理由で要素が取れない場合)なら、Basic認証後に表示されるはずの画面の要素があるか?でBasic認証が表示されているかを判定し、以下の原始的な手順でBasic認証を回避します。
1)「クリップボードに設定」アクティビティでID文字列をセット
2)「ホットキーを押下」アクティビティで「Ctrl+V」(=ID入力)
3)「ホットキーを押下」アクティビティで「tab」
4)「クリップボードに設定」アクティビティでパスワード文字列をセット
5)「ホットキーを押下」アクティビティで「Ctrl+V」(=ID入力)
6)「ホットキーを押下」アクティビティで「enter」
下記も参考になれば幸いです