こんにちは
うちの環境（Win10 Home x64）では再現しました。
いったん文字列をSet to clipboard Activityでクリップボードに写してやってから、Send Hotkey Activityを用いて ctrl + vで貼り付け、その後Send Hotkey Activity等で改行することにより回避できそうです。
ちなみに他にも"(“が”)“のようになる等USキーボードマッピングを思わせる挙動もありますが、”=“が”;“に、”;“が”:"になる等ぱっと見よくわからない挙動ですね。なおメモ帳などのほかのアプリケーションでは問題なく入力できています。