Como fazer uma comparação entre dois arquivos excel e remover linhas a partir de uma numeração que pode estar em ambas as planilhas?

Tentei utilizar o merge data table para unir as informações da duas planilhas e depois tentei utilizar o remove duplicate row, porém não está removendo nenhum dado.

Remove Duplicate Row só remove linhas se todas as colunas forem iguais, mas a coluna “Status” não é igual mesmo se a coluna “Protocolo” for.

Mas basicamente quero verificar na Planilha FaleCom_Historico se não há nenhum número de protocolo igual na planilha FaleCom_Historico_Final

Mesmo usando as planilhas que você anexou, o raciocínio é o mesmo: para cada linha da planilha FaleComHistorico, verifique se o protocolo existe na planilha FaleComHistoricoFinal.
Para isso, use a expressão FaleComHistoricoFinal.Select("Protocolo = "+LinhaFaleComHistorico("Protocolo").ToString), a qual tenta selecional, na planilha FaleComHistoricoFinal, linhas cuja coluna Protocolo tem o mesmo valor de protocoloca de cada linha da planilha FaleComHistorico.
Mais informações sobre o método Select(): DataTable.Select Método (System.Data) | Microsoft Learn

E após a comparação quero atualizar a planilha FaleCom_Historico somente com os dados únicos

Uma opção é criar uma terceira tabela com a mesma estrutura da primeira (utilizando o método Clone()) para colocar as linhas não encontradas em FaleComHistoricoFinal.
Para atualizar a planilha FaleComHistorico apenas com dados únicos, primeiro é necessário limpar os dados existentes. Para isso, uma opção é utilizar a atividade Write Cell e sobrescrever todas as células existentes (exceto os nomes das colunas).
Depois, utilize a atividade Write Range para escrever os dados únicos.
Exemplo: CompararPlanilhas.zip (35.6 KB)

Uma sugestão: Para evitar apagar dados por engano, talvez seja mais seguro usar uma outra planilha apenas com os dados únicos ao invés de atualizar a mesma.