こんにちは
Clone：「期待される結果」に指定されている配列を「result」にコピーするため
DataTableの構造だけを取得しています（中身は取得していません）
AsEnumerable：「サンプルのデータ」ファイル内にある拡張メソッドを呼ぶため
DataTableに対していわゆるLINQと呼ばれるメソッドを使うためのものです。
「”"」を増やした数に合わせるイメージで大丈夫でしょうか？
これは期待する結果の支給月数～1か月の列に相当しますので、一人当たりの通勤経路数とは無関係です。現在通勤経路の列が１０まで定義されているので、10まではこの式で処理できると思います。
"dt.AsEnumerable.GroupBy(Function(r) r(4).ToString)～"とあることから、
社員番号で正しいでしょうか？
元データに列の意味が分かる表現がありませんので、こちらでは正確にはわかりません。0ベースの4列目。「列５」に相当します
「result」で出力されたものを、「期待される結果」にはどのよう反映すれば良いでしょうか？
「期待される結果」には変更があったデータは上書きし、
そうでないものは従来のデータのまま残す運用を想定しています。
要件が異なりますので、このままでは使えません。
例えば、行単位で管理するのであれば、今回更新対象となる古いデータは元データから
削除しておいて新しいデータをマージする、等が考えられます。