こんにちは
私も同様の経験がありました
リモートデスクトップが最大化されている状態で、リモートデスクトップ上の要素が認識できない
（アプリを使用アクティビティーでリモートデスクトップを指定したいのに、デスクトップが認識されてしまう）
解決方法
リモートデスクトップの右上にある□「元に戻す（縮小）」したら
リモートデスクトップをアプリと認識し、その中にある要素も認識できるようになりました
ご参考まで
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