Orchestratorでジョブが自動的に2回実行される事象の件

Execution Target の欄の設定を Allocate dynamically にした上で、同時実行されるジョブの数を 1 にしてみてください。

おそらく、対象フォルダ内に実行可能なロボットアカウントが2つ存在していて、設定が All Robots なので、2つに対してジョブが生成されているのかと思います。