Chromeで別ウインドウ上の項目が選択できない

こんにちは

どうも親ウィンドウとポップアップした子ウインドウのtitleが同じで、これが原因の一つなのではないかと思います。

ウインドウの参照先URLが違うなら、セレクターのhtml要素内にurl属性を加えてやると良いかもしれません。
たとえばこんなイメージです。

<html app=‘chrome.exe’ title=‘hoge’ url=‘http://example/hoge/*’ />

いかがでしょうか?